O Ensino Religioso a partir do Art. 33 da LDBEN 9. 394/96 “é parte integrante da formação básica do cidadão [...] assegurado o respeito à diversidade cultural religiosa do Brasil, vedadas quaisquer formas de proselitismo.” Desse modo, assume o caráter de inter-religiosidade, sendo o responsável para apresentar o Transcendente nas diferentes culturas e tradições religiosas, No Colégio Franciscano Sant'Anna é uma área de conhecimento (BNCC 2018) e busca solidificar sua identidade própria e franciscana, numa visão plural por meio deste componente curricular.

O setor de Ensino Religioso do Colégio Franciscano interligado à pastoral escolar promove atividades diversas com a comunidade escolar, de formação continuada com colaboradores, estudantes, famílias, parceiros, bem como momentos celebrativos de irradiação da espiritualidade franciscana, pela presencialidade e pelos meios de comunicação, atuando em diversas ações integradas ao Projeto de Vida dos agentes da comunidade escolar.